ยุคเริ่มต้น (โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา)
ทีมสโมสรฟุตบอลจังหวัดชลบุรี แต่เดิมเป็น ทีมสโมสรฟุตบอลของโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และได้เข้าร่วมแข่งขัน ฟุตบอลสโมรสรชิงถ้วยพระราชทาน ต่อมาได้ถูกรวมเข้ากับทีม สโมสรสันนิบาตสมุทรปราการ โดยใช้ชื่อ สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตสมุทรปราการ ได้เข้าแข่งขันใน ดิวิชัน 1
ต่อมาได้ย้ายไปเล่นใน โปรวินเชียลลีก ในชื่อ สโมรสรฟุตบอลชลบุรี และได้แยกทีม สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตสมุทรปราการ ซึ่งเล่นในดิวิชัน 1 อยู่ โดยทีมสโมสรชลบุรีนั้นได้นำผู้เล่นจากโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และโรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี และได้ชนะเลิศโปรลีกในปี 2548 และได้เลื่อนมาเล่นใน ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีกในปี 2549
ในปี 2549 ทีมชลบุรี ร่วมลงแข่งขันฟุตบอลควีนส์คัพ ในนามของ สโมสรราชประชา และเข้าร่วมแข่ง สิงคโปร์คัพ และได้ผ่านเข้ารอบสุดท้าย ได้อันดับสอง รองจาก สโมสรฟุตบอลทัมปิเนสโรเวอร์ ในวันที่ 26 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549